アジアや欧米等の提携協定を締結し、交換留学プログラムを実施しています。学生はこの制度を利用して、異なる文化環境・異なる教育方法のもとで学ぶ機会を得ています。また、提携校から受け入れる交換留学生は、留学プログラム終了後も特別修了生としてIUJ同窓会の一員となり、IUJのネットワークをさらにグローバルなものにしています。各研究科の交換留学プログラムの詳細については、ウェブサイトでご確認下さい。

• 国際関係学研究科
• 国際経営学研究科

国際関係学研究科（GSIR）の国際開発学プログラム（IDP）および公共経営・政策分析プログラム（PMPP）では、インドネシアにある3大学、インドネシア大学、ガジャマダ大学、パジャジャラン大学とリンケージ修士課程プログラムの協定を結んでおり、毎年学生を2年次生として受け入れ、修士論文指導も含めた教育を提供しています。IUJでの課程を修了したリンケージ学生には、派遣元大学の修士号と、国際開発学または公共経営学の修士号が授与されます。リンケージ学生は、インドネシア政府から上記3大学のいずれかに派遣されている学生の中から選抜されます。

国際経営学研究科（GSIM）のMBAプログラムでは、インドネシアのガジャマダ大学およびモンゴル科学技術大学とリンケージ修士課程プログラムの協定を結んでいます。
各派遣元大学において1年の課程を修了した学生を、MBAのリンケージ学生として受け入れており、IUJでの課程を終了したリンケージ学生には、派遣元大学の修士号とIUJの修士号（経営学）が授与されます。